在我國目前經濟國際化和市場化日益深化的背景下，保稅物流中心的設立與發展，實際上起著“國際窗口”的角色。這種定位實際上具有一定的試點和過渡性質，是從半開放經濟向開放經濟轉型的一種探索。
    就一般意義而言，保稅物流中心的主要作用主要有四點：一是解決一般貿易出口商品進入保稅物流中心的退稅問題；二是解決一般貿易進口商品保稅問題；三是解決加工貿易中的深加工和結轉貨物問題；四是有利于降低物流成本和增加物流服務價值。這些作用是由它的功能所決定的。
    同時，保稅物流中心對于各地方經濟與企業發展也有不少好處。主要體現在三方面，即一是有利于建立一個穩定而長效地吸引國內外物流企業進入園區發展的機制；二是就近解決當地從事出口加工的生產制造企業和進出口的貿易型企業的出口退稅、保稅等問題，降低物流成本，也有利于吸引外資和促進企業投資；三是豐富了當地的物流業態和形式，促進本地物流業的國際化和現代化。